고구마의 꽃모양은 메꽃이나 나팔꽃과 비슷하다.
잎겨드랑이(葉腋)에서 꽃대가 나와 긴꽃자루(花梗)에 5~10개의 꽃이 착생한다.
꽃 밑부분에는 5매로 된 꽃받침이 있으며 꽃부리(花冠)는 담홍색으로서 길이가 5cm 정도이고
끝이 얕게 5조각으로 갈라진다.
수술은 5본으로서 밑부분이 꽃부리에 부착되어 있지만 수술끼리는 분리되어 있고
수술 중 1본이 암술보다 길며 4본은 암술보다 약간 짧은 편이나 품종에 따라 길이가 다르다.
암술은 1본으로 길이가 1.5cm 내외이다. 꽃의 내면 기부에는 황색의 꿀샘이 있다.
우리나라에서는 일반적으로 밭에서 꽃이 피지 않지만 품종 및 환경에 따라서 차이가 많다.